目前醫學領域的發展越來越離不開電子顯微鏡，隨著電子顯微鏡的越來越科學精密，現在電子顯微鏡在其中發揮了越來越重要的作用。

常見醫學上的應用為：

①用電子電子顯微鏡描繪神經回路

②電子顯微鏡觀察DNA形態

③掃描軟骨細胞的電子電子顯微鏡圖像

④通過電子電子顯微鏡發現動物腎臟早期纖維化

⑤可觀察真核細胞的細胞器

而且電子顯微鏡能見到納米(mm)級別。用于區分各種病毒的形態和大小病毒的種類,也可以進行分子間力的測量，可控性分子操作等多個領域。

電子顯微鏡，能夠把生物醫學的研究，從宏觀水平發展到微觀水平。原來人們利用光學顯微鏡可以看到動植物的細胞和許多微生物等，但因受其自然光線波長的限制，使其分辨率很難滿足人們揭示超微觀結構奧秘的需要。有些學者就通過對電子顯微鏡的應用，研究了大多數有關疾病的超微病理結構，積累了許多資料，從而為將電子顯微鏡用于各種臨床疾病的病理診斷打下了良好的基礎，使病理學的研究提高到了一個新的水平。目前電子顯微鏡病理診斷已廣泛應用于臨床病理診斷中，特別在傳統的臨床診斷手段中，對于原來無法確診的病例，電子顯微鏡就能發揮其重大的作用。

電子顯微鏡，利用其自身的優勢，在病理學中的應用較為廣泛，并不斷開拓著病理學的新領域。主要表現為從細胞、亞細胞的形態結構上闡明疾病的發生、發展及轉歸規律，豐富健全了傳統病理學的知識;通過對亞細胞結構和病原體的觀察，可診斷腫瘤疾病、腎小球疾病與其他一些細菌、病毒和寄生蟲疾病。近幾十年來分子生物學和免yi組織化學的迅速發展，為疾病做出診斷提供了許多新的手段。但隨著電子顯微鏡技術的不斷改良及與其他技術的緊密結合，使電子顯微鏡的診斷水平又大大提高。目前的電子顯微鏡的種類很多，有透射電鏡、掃描電鏡、掃描隧道電鏡、原子力電鏡等，但應用于臨床病理診斷中的主要還是透射電鏡和掃描電鏡。

現在，電子顯微鏡不僅能在臨床病理診斷中的廣泛應用，而且不斷完善和豐富了病理學的內容，更加為臨床疑難疾病的診斷和鑒別診斷提供了更可靠的科學依據。隨著科學技術的迅猛發展，在臨床病理診斷中常規電子顯微鏡技術雖大量使用，但它也存在較大的局限性，比如說，電子顯微鏡的觀察范圍比較小等。因此，在利用電子顯微鏡技術的同時，應與其他技術相結合，不斷改良電子顯微鏡的技術，從而開拓電子顯微鏡臨床應用的新領域。

我們相信，在不久的將來，電子顯微鏡一定能夠在醫學領域大放異彩。