光學顯微鏡適用于比較大的物質，*小能看到十幾微米尺寸的物體。且需要該物體對光的散射比較良好，景深不大。可用于觀察細胞，細菌，以及大結構的金屬組織。

    電子顯微鏡可以觀察幾個納米至幾十微米范圍內的物體，需要被測物體導電性良好。根據不同的電子顯微鏡，被觀測的物體不同。掃描電子顯微鏡主要觀察幾百納米至幾十微米之間的物體表面機構，分辨率比光學顯微鏡高，但是比透射電子顯微鏡底。可用于觀察大型納米顆粒，較細結構的金屬組織，以及生物體的納米結構。

    透射電子顯微鏡主要觀察幾納米至幾微米的薄膜樣品，分辨率極高。可用于觀察納米顆粒，金屬微觀組織以及原子結構。