顯微鏡自動聚焦包括高光譜成像系統和自動對焦系統；高光譜成像系統包括物鏡和沿光路依次設置在物鏡后方的狹縫、光譜儀系統、探測器；顯微鏡自動聚焦焦系統包括反射平板、對焦成像透鏡組、自動對焦探測器、液晶顯示系統、數據處理驅動模塊和驅動裝置；所述反射平板位置可調，反射平板設置在物鏡與狹縫之間的光路下方，對焦成像透鏡組設置在成像光線經反射平板反射后的光路上，對焦成像透鏡組的像面上安裝自動對焦探測器，自動對焦探測器分別與液晶顯示系統、數據處理驅動模塊連接，數據處理驅動模塊控制驅動裝置，驅動裝置帶動物鏡前后調焦移動。顯微鏡自動聚焦系統還包括調整裝置，所述調整裝置包括調整電機和蝸輪蝸桿，調整電機由數據處理驅動模塊控制，調整電機與蝸桿連接，蝸輪與反射平板的一端連接，調整電機通過蝸輪蝸桿帶動反射平板旋轉。顯微鏡自動聚焦的光譜儀系統為平面光柵光譜儀系統、凸面光柵光譜儀系統、凹面光柵光譜儀系統、棱鏡色散光譜儀系統或棱柵色散光譜儀系統中的一種。

顯微鏡自動聚焦使用人員可通過液晶顯示系統觀察對焦情況和調焦效果。完成望遠物鏡對焦后，反射平板轉回初始位置，光譜儀可以開始正常工作，望遠物鏡收集的成像光線經狹縫調制后，經光譜儀系統后進入探測器，完成高光譜成像儀的圖譜探測功能。

顯微鏡自動聚焦模塊的聚焦方式有以下幾種：

1、一鍵式自動聚集：開關量脈沖信號。

2、變倍信號（外部電壓信號，非485協議信號。從“手動控制”的4針插座處接入外部電壓信號）結束后觸發自動聚焦。

3、變倍信號（485協議信號）結束后觸發自動聚焦。

4、云臺控制聚焦，按上、下、左、右四個按鍵（通過PC機軟件或者是鍵盤），按鍵抬起后，觸發自動聚焦模塊（通過485協議信號）。

客戶可以自由選擇以上的自動聚焦模塊聚焦方式中的某一種或者某幾種。