一、原理不同

1、熒光顯微鏡：是以紫外線為光源， 用以照射被檢物體， 使之發出熒光， 然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。

2、激光共聚焦顯微鏡：在熒光顯微鏡成象的基礎上加裝激光掃描裝置，使用紫外光或可見光激發熒光探針。

二、特點不同

1、熒光顯微鏡：用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。 細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光。

2、激光共聚焦顯微鏡：利用計算機進行圖象處理，從而得到細胞或組織內部微細結構的熒光圖象，以及在亞細胞水平上觀察諸如Ca2+、pH值、膜電位等生理信號及細胞形態的變化。

三、用處不同

1、熒光顯微鏡：熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學的基本工具。它是由光源、濾板 系統和光學系統等主要部件組成。是利用一定波長的光激發標本發射熒光，通過物鏡和目鏡系統放大以觀察標本的熒光圖像。

2、激光共聚焦顯微鏡：激光掃描共聚焦顯微技術已用于細胞形態定位、立體結構重組、動態變化過程等研究，并提供定量熒光測定、定量圖像分析等實用研究手段，結合其他相關生物技術，在形態學、生理學、免疫學、遺傳學等分子細胞生物學領域  得到廣泛應用。