生物顯微鏡的光學系統也包含蓋玻片以內。因為蓋玻片的薄厚不規范，光線從蓋玻片進到家氣體造成映射后的激光光路發生了更改，進而造成了象差，這就是覆蓋差。覆蓋差的造成危害了光學顯微鏡的成象品質。國際性上要求，生物顯微鏡中蓋玻片的規范薄厚為0.17mm，容許范疇在0.16～0.20mm，在物鏡的生產制造上己將此薄厚范疇的象差測算以內。物鏡機殼標注刻的0.17，就是說明該物鏡規定蓋玻片薄厚。

因為制做技術性等緣故，生物顯微鏡中蓋玻片薄厚很有可能在0.16下列或0.18之上，因此便會產生覆蓋差。蓋玻片太厚，不應該進到物鏡的光線會進到物鏡；蓋玻片過薄，則應當進到物鏡的光線卻不可以進到。

生物顯微鏡中變大倍數愈高，NA值愈大，覆蓋差愈顯著，尤以蓋玻片厚，覆蓋差更為嚴重。

在生物顯微鏡中清除覆蓋差理想化的方法，是用帶校準環的物鏡來調整。這類物鏡常以40times干躁系物鏡。舊式光學顯微鏡可以用更改物鏡長短來調整，蓋玻片過厚，能夠將物鏡減少；過薄，可將物鏡相對變長。但它是消沉的方式，因物鏡長短更改，放大率也隨著更改，另外也危害成象品質。因而不適合科學研究用光學顯微鏡。

油浸系物鏡不會有覆蓋差難題，它是因為油和蓋玻片的折光率都在1.52上下，因此產生勻稱的光學系統。可是應用油鏡時，生物顯微鏡中蓋玻片太厚，超出了工作中間距，則沒法變焦，乃至看不見圖像。

有的物境上標著"-"標記，一般為高倍物鏡（0.5times、0.75times、1times、2times），其NA值很低，不會受到蓋玻片的危害，這類物鏡能加也并不加蓋玻片；有的物鏡上標著"0”標記，為不可以加蓋玻片的物鏡，叫“無罩物鏡”。

在生物顯微鏡中物鏡數值孔徑越大，容許蓋玻片薄厚出現偏差的原因的范疇愈小，也表明越發低倍物鏡對蓋玻片薄厚的規定越嚴苛。