大部分生物顯微鏡使用一段時間后都會產生鏡片的外面被沾污或發生霉變。尤其是高倍物鏡40X，在做“觀察植物細胞的質壁分離與復原”實驗時，極容易被糖液污染。如鏡頭被污染不及時清洗干凈就會發生霉變。處理的辦法是先用干凈柔軟的綢布蘸溫水清洗掉糖液等污染物，后用干綢布擦干，再用長纖維脫脂棉蘸些鏡頭清洗液清洗，*后用吹風球吹干。

要注意的是清洗液千萬不能滲入到物鏡鏡片內部。因為為了達到所需要的放大倍數，高倍物鏡的鏡片，需要緊緊地膠接在一起。膠是透明的，一旦這層膠被酒精、乙醚等溶劑溶解后，光線通過這兩片鏡片時，光路就會發生變化，觀察效果會受到很大影響。所以在清洗時不要讓酒精、乙醚等溶劑滲入到物鏡鏡片的內部。